保障医疗环境、控制院内感染一直是医院的工作重点，也是医院新风除湿空调的主要任务。
正如美国ANSI/ASHRAE/ASHE标准170——医疗场所的通风标准的前言所述，“如果医疗场所没有高品质的通风，病患、医护工作者及探访者可能会通过正常呼吸吸入悬浮颗粒物而被感染。不良通风的医疗设施是空气中存在致病颗粒物可能性非常高的场所。在这类场所，空气传播的病原体无处不在，尽管大部分人可以通过自身免疫系统应对，但一些病患可能被这些空气传播病原体甚至如真菌、孢子之类的普通悬浮微生物所感染。医院中这类微生物的浓度更高些，在通风系统设计中就应必须格外关注”。
特别是患病因药物治疗或放射性治疗，降低了患者对病菌感染的抵抗力。若患者处于这种不良的通风空调中，通过空气途径的院内感染的几率会大大增加。在手术过程中患者的体表局部或粘膜被划开，失去了抵御病原微生物的屏障，悬浮在空气中或皮肤表面的微生物随时都可直接侵入机体组织，很容易引起术后感染，或其他疾病。例如：曲霉菌群种很少会引起医院的传染，但却会发生在那些做了心脏的和腹部的手术之后的病人身上。经进一步的调查研究发现，在术后患者曲霉菌传染的爆发的原因是手术室中被污染的空气处理系统。
医院的通风空调，尤其是净化空调往往被人们认为是医疗环境控制的标准配置。但是与人们良好的初衷相反，医院通风空调往往成为院内感染HAI（hospital acquired infection）的主要风险之一。
由于空调机组在运行过程中常常会使空调箱内表面与空气过滤器积尘；冷却去湿盘管、凝水盘与排水水封、加湿器及其存水容器等凝水、积水，一旦条件合适就会促成微生物不断定植和繁殖，甚至发生二次污染。
当机组箱体内在整个系统停机期间，由于室外空气渗入、箱体内温度回升以及积存的冷凝水不断蒸发，箱体内空间成为细菌繁殖的理想场所，常常会大量滋生细菌。细菌在繁殖过程中会产生多种代谢物，如气味、毒素、过敏物质（如细胞膜、碎屑）及尸体。大多数代谢物的粒径很小，对人的危害不亚于活的细菌。当再次开机时这些微粒，以及出现的霉味或其它令人不愉快的异味，会使过敏人群打喷嚏、眼睛发痒、甚至严重致敏，这也被称为开机暴发性细菌污染。
空调系统污染对手术环境的负面影响是美国最先提出来的，认为室内悬浮菌只有在下列情况下才对手术切口有显著影响：
（1）空气处理系统被污染 ；
（2）其他正在运行中的空气处理系统出现问题 ；
（3）高风险的特殊手术过程。
2002年我国提出了空调系统的二次污染与对策。难能可贵的是德国医疗卫生协会DGKH，瑞士医疗卫生协会SGSH和奥地利卫生、微生物及预防医学会ÖGHMP三家提出了《医院暖通空调设计与运行指南（草案）》，从国家层面上明确提出在许多场合中空调系统已被证实为污染源，只有将空调系统看作污染源，才能彻底解决室内生物学污染，认为这是对传统思路的突破。目前对空调机组与管道系统微生物污染的有两种控制方法，一种是常规的清洗与消毒措施，其改善空调系统微生物污染状况积极作用是显而易见的。另一种方法是提出控制或消除空调机组及其系统积尘与积水等一整套措施，以消除诱发微生物二次污染。这一整套措施已被GB 50333–2013《医院洁净手术部建筑技术规范》以条文所规定。这套措施被证明十分有效。但是空调机组及其管路系统长期运行，难免尘埃与微生物会不断积累，会增加院内感染的风险，为此各国卫生标准还是要求对空调机组进行定期清洗消毒。
新风机组及其管路系统消毒
传统上对空调机组及其管路系统消毒，常常使用臭氧、紫外线辐射消毒，简便但消毒效果有限。定期清洗消毒更常用的是化学消毒剂，如次氯酸钠、甲醛及环氧乙烷等。消毒效果虽好，但对空调机组本身及其管路系统有损伤，对消毒人员有暴露危害，需做好个人防护，而且消毒后必须对机组及其管路系统彻底清洗，以免化学残留。整个消毒、清洗过程又十分复杂、繁琐，工作人员劳动强度大。
医疗环境问题对患者是无害（first, do no harm），这就要求对用于医疗环境控制的空调机组来说，更需寻找一种更有效、更安全的消毒剂与消毒方法。在20世纪80年代后期，美国STERIS公司首先发现了过氧化氢（H2O2）在低浓度的气体状态下比在液体状态下具有更高的杀孢子能力。
因为气态H2O2能生成大量游离的氢氧基，可以直接攻击微生物的细胞成分（包括脂类，蛋白质和DNA）使其消亡。从这原理上讲，只有具有类似细胞结构的真菌、细菌、病毒和芽孢，消毒均能十分奏效。H2O2对人无暴露危险，同时对于大多数材料来说，甚至对灵敏的电子设备非常兼容。这些特性使它成为一种理想的灭菌剂。美国环境保护署EPA（US Environmental Protection Agency）发表过文件：过氧化氢和二氧化氯熏蒸对材料和电子设备的兼容性（Compatibility of Material and Electronic Equipment with Hydrogen Peroxide and Chlorine Dioxode Fumigation）阐述了这一点。
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